чем открыть dicomdir файл мрт
Как открыть диск с МРТ или КТ снимками?
О формате файлов КТ И МРТ
Файлы КТ или МРТ исследования на диске записаны в специальном формате DICOM, и он не открывается обычными программами просмотра картинок. DICOM — это формат медицинских изображений, где в каждый файл помимо собственно картинки «вшита» другая информация — имя пациента, его возраст, номер снимка, обозначения режимов сканирования и т.п.
Программы для открытия файлов КТ и МРТ
Чтобы открыть снимки с CD диска, Вам понадобится специальная программа — DICOM-вьюер. Таких программ много, платных и бесплатных. Самая удобная из бесплатных программ — Radiant DICOM Viewer. Скачать ее можно здесь. Эта программа умеет открывать совершенно любые медицинские снимки в формате DICOM, например МРТ, КТ, ПЭТ-КТ, рентген, маммографию, ангиографию и т.д.
Чтобы открыть снимки программой Radiant, нужно скопировать все содержимое диска в папку на компьютере, затем зайти в программу, нажать в левом верхнем углу кнопку Scan folder for DICOM files и выбрать эту папку. Подробнее про работу программы можно почитать здесь.
Лучшая из программ для MAC-OS — это Osirix. Скачать бесплатную версию для настольного компьютера можно здесь. Версия Osirix для iPhone и iPad продается в Apple Store или здесь.
Часто МРТ или КТ записывается на диск уже с программой-вьюером. В таком случае не нужно отключать автозапуск на своем компьютере, и программа просмотра запустится автоматически. К недостатку таких программ относится то, что ими, как правило, не очень удобно пользоваться. Поэтому советуем Вам все же установить Radiant.
Помните, что даже идеально выполненное исследование не исключает врачебной ошибки, ведь достоверность диагностики напрямую зависит от умения врача расшифровать снимки. Поэтому при сомнениях в диагнозе врачи рекомендуют получить Второе мнение — расшифровку МРТ или КТ у рентгенолога экспертного уровня с целью подтверждения или опровержения диагноза, а также более точного и детального описания снимков. В России действует Национальная телерадиологическая сеть — служба дистанционных консультаций, с помощью которой любой человек может обратиться к ведущим диагностам из Москвы или Санкт-Петербурга, отправить им файлы исследования и получить квалифицированное описание. Особенное значение такая консультация имеет при онкологических, неврологических и других сложных заболеваниях.
Также вы можете отправить файлы МРТ или КТ с диска вашему лечащему врачу. Как это сделать, можно почитать здесь.
Чем открыть dicomdir файл мрт
Today we’re introducing a bonus for renewing your subscription plan early. Everyone purchasing a renewal before their current plan expires will get additional term ranging from 6 days (for previous 1-month plan) up to 365 days (when renewing 5-year plan) for free.
Purchasing a renewal is easy, just log in to My Licenses and click «Extend your plan». Now you can also add additional seats to your existing plan when you need to use RadiAnt on more computers. A volume discount will be automatically applied with the number of seats in the existing plan taken into account.
We’ve also added CSV file export from the local archive so that you can analyze your database in other software (e.g. Excel). When dealing with multiple series/studies opened in one window it is now much easier to open the desired series by using the context menu directly in the image panel.
Other minor improvements and bug fixes are listed in the changelog.
RadiAnt has continued to support Windows XP and Vista much longer than other software companies. However, as the number of users on those platforms have been dwindling, the outdated systems will not be supported in the next version of RadiAnt (2021.1).
You can still install and use previous versions of the viewer (up to 2020.2) on Windows XP or Vista, but we strongly encourage our users to upgrade to a version of Windows that is supported by Microsoft. Unsupported operating systems receive no security updates, have known exploits, and are dangerous for you to use.
Поддерживает различные типы DICOM файлов
Все необходимые инструменты – у Вас под рукой
Быстрая как молния
Программа RadiAnt DICOM Viewer была разработана с целью максимально эффективного использования ресурсов. Она может работать на многопроцессорных и многоядерных системах с большим количеством гигабайт оперативной памяти, и в то же время способна полноценно функционировать на старых одноядерных машинах всего лишь с 1 ГБ оперативной памяти.
64-разрядная версия предназначена для современных систем, с возможностью хранения всех открытых изображений, в случае необходимости, в более чем 4 ГБ оперативной памяти. Асинхронное чтение позволяет просматривать и обрабатывать изображения уже в процессе их открытия.
Всё эти функции доступны в одном очень компактном приложении, с размером инсталлятора чуть более 7 Мб.
Сравнивайте различные серии или исследования
С целью сравнения, результаты нескольких серий одного и того же исследования, или же нескольких отдельных исследований, могут быть одновременно открыты в одном и том же окне либо в разных окнах.
Серии, состоящие из изображений, которые были получены в одной плоскости (например, изображения результатов Компьютерной томографии, полученные до и после введения контрастного вещества), по умолчанию автоматически синхронизируются.
Поиск и загрузка исследований из мест размещения PACS
Функция клиента в PACS (Система архивации и передачи изображений) позволяет Radiant DICOM Viewer запрашивать и получать исследования с других хостов PACS.
Пользователи /поставщики, поддерживаемого класса обслуживания: C-ECHO SCU, C-ECHO SCP, C-FIND SCU, C-MOVE-SCU, C-STORE-SCP.
Полученные файлы DICOM могут сохраняться во временной папке и удаляться при закрытии RadiAnt, а также могут сохраняться в локальной базе данных.
Локальный архив
Функция локального архива позволяет импортировать исследования DICOM с дисков CD/DVD, USB флэш-дисков, из локальных и сетевых папок или с серверов PACS, а также сохранять их на локальном жестком диске, чтобы легко получать к ним доступ в дальнейшем.
Локальный архив может быть полезен в ситуациях, когда больше недоступны оригинальные носители информации или когда вы хотели бы открыть исследование без необходимости повторного извлечения его с сервера PACS.
Вы также можете получить доступ к базе данных для упорядочения и быстрого поиска исследования в своей коллекции файлов DICOM, которые хранятся на жестком диске.
Экспортируйте DICOM файлы в изображения и фильмы
Отдельное изображение, целые серии изображений либо все открытые изображения можно экспортировать одновременно.
Открытые изображения возможно быстро копировать в буфер обмена Windows, используя сочетание клавиш CTRL + C, после чего их можно легко вставлять в Word или PowerPoint документы.
Многоплоскостные реконструкции
Инструмент MPR, встроенный в программу Radiant DICOM Viewer, может быть использован для реконструкции изображений в ортогональных плоскостях (корональной, сагиттальной, осевой или косой, в зависимости от базовой плоскости изображения). Это помогает получить новую анатомическую картину, которую не удалось визуализировать с помощью одних только базовых изображений.
Процесс реконструкции происходит очень быстро: корональные серии могут быть созданы из более чем 2000 аксиальных срезов КТ примерно за три секунды (на современной системе с процессором Intel Core i7).
Визуализация 3D-объtма
Инструмент 3D VR (рендеринг объема) позволяет визуализировать большие объемы данных, полученные с помощью современных КТ/МРТ сканеров, в трехмерном пространстве. Различные аспекты набора данных можно изучить в интерактивном режиме в окне 3D VR.
Этот инструмент позволяет поворачивать объем, изменять его уровень масштабирования и положение, регулировать его цвет и прозрачность, измерять его длину и показывать скрытые структуры, отрезая ненужные части объема с помощью инструмента скальпеля. Изображение визуализируется постепенно для обеспечения плавности операций даже на медленных компьютерах.
Совмещение изображений ПЭТ-КТ
Совместите изображение ПЭТ со снимком КТ для локализации областей с повышенными показателями захвата ФДГ (фтордезоксиглюкозы) и выявления возможных анатомических изменений в таких областях.
Используйте инструмент Эллипс для измерения максимальных, минимальных и средних значений стандартизованного показателя захвата в конкретной области (значение стандартизованного показателя захвата рассчитывается по массе тела).
Совмещение изображений может быть применено и к другим модальностям изображений, таким, как Магнитно-резонансная томография. К примеру, диффузионно-взвешенные изображения (DWI) могут совмещаться с Т1 и Т2-взвешенными снимками.
Цифровая субтракционная ангиография
Методика цифровой субтракционной ангиографии (DSA) может быть применена при рентгеноскопии серии (XA) для лучшей визуализации кровеносных сосудов.
Предконтрастное изображение (так называемая маска) вычитается из последующих изображений, в которых артерии/вены заполнены контрастом. Это позволяет удалить из конечного изображения костные или плотные участки мягких тканей.
Функция автоматического переключения пикселей позволяет автоматически откорректировать выравнивание маски и живого изображения, просто выбрав интересующую область.
Кривые «время-интенсивность»
Radiant DICOM Viewer позволяет визуализировать расширение очагов поражения (например, в МРТ молочных желез) путем построения кривых «время-интенсивность» (TIC).
Можно получить различные типы кривых: Ia — прямая (интенсивность сигнала продолжает увеличиваться в течение всего динамического периода), Ib — изогнутая (кривая времени-интенсивности сигнала уплощена в конце послеконтрастного периода), II — плато (плато интенсивности сигнала в промежуточном и позднем послеконтрастных периодах) или III — размывание (интенсивность сигнала уменьшается (размывается) в промежуточном послеконтрастном периоде).
Поддержка многоточечных касаний
Многоязычный интерфейс
Просмотр CD/DVD пациента с файлами DICOM
Вас раздражает слишком долгое ожидание открытия диска с DICOM файлами исcледования пациента? А если, к тому же, Ваша программа просмотра требует установки дополнительных компонентов для возможности доступа к изображениям?
Если операционная система компьютера пользователя позволяет работать с 64-разрядной версией, для большей эффективности лучше использовать именно эту версию, которая откроется автоматически. На более старых компьютерах, используется 32-разрядная версия. К медиа-файлу добавляется всего около 6 МБ избыточных данных.
Логотип, который отображается после открытия приложения, полностью настраиваемый и может быть использован для предоставления информации о Вашей компании Вашим клиентам.
DICOM Viewer изнутри. Функциональные возможности
Добрый день, хабрасообщество. Мне хотелось бы продолжить рассмотрение аспектов реализации DICOM Viewer’а, и сегодня речь пойдёт о функциональных возможностях.
Инструментарий в 2D
Мультипланарная реконструкция (MPR)
Мультипланарная реконструкция позволяет создавать изображения из оригинальной плоскости в аксиальную, фронтальную, сагиттальную или произвольную плоскости. Для того чтобы построить MPR, необходимо построить объёмную 3D-модель и «разрезать» её в нужных плоскостях. Как правило, наилучшее качество MPR получается при компьютерной томографии(КТ), потому что в случае КТ можно создать 3D модель с разрешением, одинаковым во всех плоскостях. Поэтому выходное MPR получается с таким же разрешением, какое было у исходных изображений, полученных из КТ. Хотя бывают и МРТ с хорошим разрешением. Вот пример мультипланарной реконструкции:
Зелёным — аксиальная плоскость (слева вверху);
Красным — фронтальная плоскость (справа вверху);
Синим — сагиттальная плоскость (слева внизу);
Жёлтым — произвольная плоскость (справа внизу).
Положение правого нижнего снимка определяется жёлтой линией на виде сбоку (левый верхний). Это и есть изображение, полученное «разрезанием» 3D-модели наклонной плоскостью. Для получения значения плотности в конкретной точки плоскости используется трилинейная интерполяция.
Мультипланарная реконструкция по произвольной кривой (curved MPR)
То же самое, что и MPR, только вместо произвольной плоскости можно взять кривую, как показано на рисунке. Используется, например, в стоматологии для панорамного снимка зубов.
Каждая точка на кривой задаёт исходную точку трассировки, а нормаль к кривой в этой точке соответствует направлению оси Y в двухмерном изображении для этой точки. Оси X изображения соответствует сама кривая. То есть в каждой точке двухмерного изображения направление оси X – это касательная к кривой в соответствующей точке на кривой.
Проекция минимальной/средней/максимальной интенсивности (MIP)
Значения минимальной интенсивности показывают мягкие ткани. Тогда как значения максимальной интенсивности соответствуют наиболее ярким участкам трёхмерного объекта — это либо наиболее плотные ткани, либо органы, насыщенные контрастным веществом. Минимальное/среднее/максимальное значение интенсивности берётся в диапазоне (как показано на рисунке пунктирными линиями). Минимальное значение по всей модели будет принимать воздух.
Алгоритм вычисления MIP очень простой: выбираем плоскость на 3D модели — пусть будет плоскость XY. Потом проходим по оси Z и выбираем максимальное значение интенсивности на заданном диапазоне и отображаем его на 2D плоскости:
Изображение, полученное путём проекции средней интенсивности, близко к обычному рентгеновскому снимку:
Некоторые виды радиологических исследований не дают должного эффекта без использования контрастного препарата, поскольку не отражают некоторые виды тканей и органов. Это связано с тем, что в организме человека есть ткани, плотность которых примерно одинакова. Чтобы отличать такие ткани друг от друга, используют контрастное вещество, которое придаёт крови большую интенсивность. Также контрастное вещество используется для визуализации сосудов при ангиографии.
Режим DSA для ангиографии
Ангиография — это приём, позволяющий визуализировать системы кровотоков (вены и сосуды) различных органов. Для этого используется контрастное вещество, которое вводят в исследуемый орган, и рентгеновский аппарат, создающий снимки во время ввода контрастного вещества. Таким образом на выходе аппарата получается набор снимков с разной степенью визуализации кровотоков:
Однако вместе с венами и сосудами на снимках видны ткани других органов, например, черепа. Режим DSA (Digital subtraction angiography) позволяет визуализировать только кровотоки без каких-либо других тканей. Как это работает? Берём изображение серии, в котором кровотоки ещё не визуализированы контрастным веществом. Как правило, это первое изображение серии, так называемая маска:
Затем вычитаем это изображение из всех остальных изображений серии. Получаем следующее изображение:
На этом изображении хорошо видны кровотоки и практически не видны другие ткани, что позволяет проводить более точную диагностику.
Инструментарий в 3D
Инструмент куб видимости (Clipping Box)
Инструмент Clipping Box позволяет увидеть кости и анатомические ткани в разрезе, а также показать внутренние органы изнутри. Инструмент реализуется на уровне рендера, просто ограничивая область рейтрейсинга.
В реализации область рейтрейсинга ограничивается плоскостями с нормалями, направленными в сторону отсечения. То есть куб представляется шестью плоскостями.
Инструментарий редактирования объема — вырезание многоугольником
Инструмент похож на предыдущий и позволяет удалять фрагмент объёма под произвольным многоугольником:
Под вырезанием следует понимать зануление вокселей в 3D-моделе, попавших в область многоугольника.
Также есть инструмент «Ножницы», который позволяют удалять части 3D-модели по принципу связности. Реализация: при выделении объекта происходит циклический поиск близлежащих связных вокселей, пока все близлежащие воксели не будут просмотрены. Затем все просмотренные воксели удаляются.
Линейка в 3D
В 3D можно производить измерения органов под любым углом, что невозможно для некоторых случаех в 2D.
В режиме 3D можно также воспользоваться полигональной линейкой:
Инструментарий в 4D
Совмещение нескольких томографических серий в 3D (Fusion PET-CT)
ПЭТ-КТ (англ. PET-CT) относительно новая технология, являющаяся исследовательским методом ядерной медицины. Является методом мультимодальной томографии. Четвёртым измерением в данном случае является модальность (PET и CT). Предназначена в основном для обнаружения раковых опухолей.
CT помогает получить анатомическую структуру человеческого тела:
а PET показывает определённые области концентрации радиоактивного вещества, которая напрямую связана с интенсивностью кровоснабжения данной области.
PET получает картину биохимической активности, детектируя в теле человека радиоактивные изотопы. Радиоактивное вещество скапливается в органах, насыщенных кровью. Затем радиоактивное вещество претерпевает позитронный бета-распад. Образовавшиеся позитроны в дальнейшем аннигилирует с электронами из окружающей ткани, в результате чего происходит излучение пар гамма-лучей, которые и детектируются аппаратом, и затем на основе полученной информации строится 3D изображение.
Выбор радиоактивного изотопа определяет биологический процесс, который желают отследить в процессе исследования. Процессом может быть метаболизм, транспорт веществ и др. Поведение процесса в свою очередь является ключом к верной диагностике заболевания. На изображении выше у пациента в области печени видна опухоль.
Но основываясь на PET трудно понять, в какой части тела находится область с максимальной концентрацией радиоактивного вещества. При соединении геометрии тела (CT) и областей, насыщенных кровью с высокой концентрацией радиоактивного вещества (PET), получаем:
В качестве радиоактивного вещества для PET применяются радиоактивные изотопы с разными периодами полураспада. Для образования всякого рода злокачественных образований используется фтор-18 (фтордезоксиглюкоза), йод-124 используется для диагностирования рака щитовидной железы, галлий-68 — для обнаружения нейроэндокринных опухолей.
Функционал Fusion формирует новую серию, в которой изображения обоих модальностей (и PET и CT) объединены. В реализации изображения обоих модальностей перемешиваются, а затем сортируются по оси Z (считаем, что X и Y – оси изображения). Фактически получается, что изображения в серии чередуются (PET, CT, PET, CT …). Эта серия в дальнейшем используется для отрисовки 2D fusion и 3D fusion. В случае 2D fusion изображения отрисовываются попарно(PET-CT) в порядке возрастания Z:
В данном случае сначала был отрисовано изображение CT, затем PET.
3D fusion реализован для видеокарты на CUDA. На видеокарте отрисовываются одновременно обе 3D-модели — PET и CT и получается реальный мультимодальный fusion. На процессоре fusion тоже работает, но работает несколько иначе. Дело в том, что на процессоре обе модели представлены в памяти как отдельные окто-деревья. Следовательно, при отрисовке необходимо трассировать два дерева и синхронизировать пропуск прозрачных вокселей. А это бы значительно снизило скорость работы. Поэтому было решено просто накладывать результат рендера одной 3D-модели поверх другой.
4D CardiacCT
Технология Cardiac CT используется для диагностики различных нарушений работы сердца, включая коронарную болезнь сердца, тромбоэмболия легочной артерии и другие заболевания.
4D Cardiac CT представляет собой 3D во времени. Т.е. получается небольшое видео, которое будем называть кинопетлёй, в которой каждый кадр будет представлять собой 3D-объект. Исходные данные представляют собой набор dicom-изображений сразу для всех кадров кинопетли. Для того чтобы преобразовать набор изображений в кинопетлю, необходимо сначала сгруппировать исходные изображения по кадрам, а затем для каждого кадра создать 3D. Построение 3D-объекта на уровне кадра происходит так же как и для любой серии dicom-изображений. Мы используем эвристическую сортировку изображений для группировки по кадрам, используя положение изображения на оси Z (считая что X и Y это оси изображения). Полагаем, что после группировки по кадрам, в каждом кадре получается одинаковое количество изображений. Переключение кадра фактически сводится к переключение 3D-модели.
5D Fusion Pet – CardiacCT
5D Fusion Pet – CardiacCT — это 4D Cardiac CT с добавлением fusion с PET в качестве пятой размерности. В реализации сначала создаём две кинопетли: с CardiacCT и с PET. Затем делаем fuision соответствующих кадров кинопетель, что даёт нам отдельную серию. Затем строим 3D полученной серии. Выглядит это так:
Виртуальная эндоскопия
В качестве примера виртуальной эндоскопии будем рассматривать виртуальную колоноскопию, поскольку она является наиболее распространённым видом виртуальной эндоскопии. Виртуальная колоноскопия позволяет на основе данных КТ построить объёмную реконструкцию области брюшной полости и по этой трёхмерной реконструкции произвести диагностику. Во вьюере есть инструмент полёт камеры (fly-through) с навигацией по MPR:
который в том числе позволяет автоматически следовать анатомической структуре. В частности позволяет просматривать внутрикишечную область в автоматическом режиме. Вот как это выглядит:
Полёт камеры представляет серию последовательных перемещений по внутрикишечной области. Для каждого шага вычисляется вектор перемещения камеры в следующую часть анатомической структуры. Вычисление производится на основе прозрачных вокселей в следующей части анатомической структуры. Фактически вычисляется некий средний воксель среди прозрачных. Начальный вектор перемещения задаётся вектором камеры. В инструменте Полёт камеры используется исключительно перспективная проекция.
Также есть функционал для автоматической сегментации кишечника, т.е. функционал для отделения кишечной области от остальной анатомии:
Возможна также навигация по сегментированной 3D-модели (кнопка Show camera orientation), которая по клику мыши на 3D-моделе перемещает камеру на соответствующую позицию в исходной анатомии.
Сегментация реализуется с помощью волнового алгоритма. Полагается, что анатомия замкнутая в том смысле, что она не контактирует с другими органами и внешним пространством.
Система просмотра ЭКГ (Waveform)
Отдельным модулем во viewer’е реализовано чтение данных из Waveform и их отрисовка. DICOM ECG Waveform это специальный формат хранение данных отведений электрокардиограмм, определяемый стандартом DICOM. Данные электрокардиограммы представляют собой двенадцать отведений — 3 стандартных, 3 усиленных и 6 грудных. Данные каждого отведения представляют собой последовательность измерений электрического напряжения на поверхности тела. Для того чтобы отрисовать напряжения, нужно знать масштаб по вертикали в мм/мВ и масштаб по горизонтали в мм/сек:
В качестве вспомогательных атрибутов также отрисовывается сетка для простоты измерения расстояний и масштаб в левом верхнем углу. Варианты масштаба подобраны с учётом врачебной практики: по вертикали — 10 и 20 мм/мВ, по горизонтали — 25 и 50 мм/сек. Также реализованы инструменты для измерения расстояния по горизонтали и вертикали.
DICOM-Viewer как DICOM-клиент
DICOM-Viewer, помимо прочего, представляет собой полноценный DICOM-клиент. Есть возможность производить поиск на PACS-сервере, получать из него данные и др. Функции DICOM-клиента реализованы с помощью открытой библиотеки DCMTK. Рассмотрим типичный use-case работы DICOM-клиента на примере viewer’а. Производим поиск стадий на удалённом PACS-сервере:
При выборе стадии внизу отображаются серии для выбранной стадии и количество изображений в них. Сверху справа указывается PACS-сервер, на котором будет произведён поиск. Поиск можно параметризовать, уточняя критерии поиска: PID, дата исследования, имя пациента и др. Поиск на клиенте реализуется командой C-FIND SCU с помощью библиотеки DCMTK, которая работает на одном из уровней: STUDY, SERIES и IMAGE.
Далее изображения выбранной серии можно загрузить, используя команды С-GET-SCU и C-MOVE-SCU. Протокол DICOM обязывает стороны соединения, т.е. клиента и сервера, заранее договориться, какие типы данных они собираются передавать через это соединение. Под типом данных понимается комбинация значений параметров SOPClassUID и TransferSyntax. SOPClassUID определяет тип операции, которую планируется выполнять через данное соединение. Наиболее часто используемые SOPClassUID’ы: Verification SOP Class (пинг сервера), Storage Service Class (сохранение изображений), Printer Sop Class (выполнение печати на DICOM-принтере), CT Image Storage (сохранение изображений КТ), MR Image Storage (сохранение изображение МРТ) и другие. TransferSyntax определяет формат бинарного файла. Популярные TransferSyntax’ы: Little Endian Explicit, Big Endian Implicit, JPEG Lossless Nonhierarchical (Processes 14). То есть, чтобы передать МРТ изображения в формате Little Endian Implicit, то в соединение необходимо добавить пару MR Image Storage — Little Endian Explicit.
Загруженные изображения сохраняются в локальное хранилище и, при повторном просмотре, загружаются из него, что позволяет увеличить производительность viewer’а. Сохранённые серии помечаются жёлтым значком в верхнем левом углу первого изображения серии.
Также DicomViewer как DICOM-клиент умеет записывать диски с исследованиями в формате DICOMDIR. Формат DICOMDIR реализуется в виде бинарного файла, который содержит относительные пути ко всем DICOM-файлам, которые записываются на диск. Реализуется с помощью библиотеки DCMTK. При чтении диска считываются пути ко всем файлам из DICOMDIR и после этого загружаются. Для добавления в DICOMDIR стадий и серий был разработан такой интерфейс:
Вот и всё, что я хотел рассказать про функционал DicomViewer’а. Как всегда очень приветствуется обратная связь от квалифицированных специалистов.
Примеры данных:
MANIX — для общих примеров (MPR, 2D, 3D и т.д.)
COLONIX — для виртуальной колоноскопии
FIVIX — 4D CARDIAC-CT
CEREBRIX — Fusion PET-CT